Under några kvällar har jag installerat MySQL i en dator med Ubuntu och en Mac (OS Mountain Lion. Anledningen till detta härrör från att det program jag använder när jag håller på med statistik, R, (som jag skrivit om i en annan post) har en stor svaghet. R klarar inte stora material särskilt bra. Orsaken är att R enbart använder RAM-minnet och att programmet dessutom slukar en hel del av minnet. En tumregel är att man kan använda material från filer som är 1/3 av det RAM-minne som man har. Om man försöker frångå detta är det stor risk att programmet låser sig.
Nu finns det ett sätt att komma förbi detta – nämligen genom att relatera R till en databas. Detta kan man göra med hjälp av paketet RMySQL. Detta är inte särskilt svårt – inte heller MySQL. Installering av MySQL kan man göra genom att följa manualen på Oracels hemsida1 och att lägga in data i databasen är inte särskilt svårt (finns instruktioner för det också). Att koppla RmySQL till databasen är inte heller särskilt svårt. Instruktioner finns tydligt i paketets maunal.
Det som dock är svårt är alla små fel som dyker upp på vägen, både vad gäller installationen av RmySQL (R-paketet), men framförallt vad gäller MySQ. Ett exempel är att om manarbetar med MySQL i terminalen i Linux kan man inte ladda ner data till de tabeller man skapat. När man använder sig av load data local infile får man följande meddelande: The used command is not allowed with this MySQL version. Anledningen är att Oracle har lagt in en säkerhetsaspekt. Beskrivningen hur man ska komma runt detta problem är väldigt otydigt. Men det det finns ett enkelt sätt att komma runt detta. När man ska ladda in data i tabeller kan skriva:
–local-infile=1 -u root -p
Då ställer man in local infile så att man har behörighet att ladda ner data.
Jag brukar använda Workbench när jag arbetar med mina databaser. Det finns några problem dock när man använder detta program i Mac. För det första är programmet instabilt. Man får vara beredd på att programmet stänger ner eller låser sig – särskilt om man håller på med stora databaser. Detta kommer förmodligen bli bättre – men är en aningen irriterande. Ett annat problem är att my.cnf ligger på fel ställe. Detta gör att det inte går att logga in via workbench. För att åtgärda problemet ska man flytta/kopiera filen till /etc. I mitt fall låg denna fil under /usr/local/mysql. Ytterligare ett problem är att det inte går att exportera databaser i Mac. Får att åtgärda detta går man in i preferences och väljer fliken Administration. Där finns det en ruta som anger vart dumpen ska hamna. För att kunna exportera måste man leta upp sin mysqldumpmapp och lägga in ’pathen’ till den. I mitt fall blir det /usr/local/mysql/bin/mysqldump.
Efter dessa åtgärder fungerade det för mig!
Lämna ett svar